大手ハウスメーカーと比べ、工務店の住宅保証はどうなのですか？

基本は一緒です。
また、当社は個別に損害保険にも加入し、いざというときにも瑕疵保険の範囲外の事故（当社由来の物に限る）であっても保証ができるようになっています。